(1) Антимикробни пептиди инсеката: Инсекти чине највећу групу организама, а број антимикробних пептида које производе је огроман. До данас је идентификовано преко 200 типова антимикробних пептида инсеката у осам редова, укључујући Лепидоптера, Диптера, Цолеоптера и Одоната; посебно, 40 антимикробних пептидних гена је изоловано само из свилене бубе (*Бомбик мори*).
(2) Антимикробни пептиди сисара: Антимикробни пептид сисара Цецропин П1 је први пут изолован из танког црева свиње 1989. Тренутно је најмање 18 типова изоловано од свиња, 30 од оваца и 30 од говеда.
(3) Антимикробни пептиди водоземаца: Водоземци поседују голу кожу која има више функција. Њихови кожни секрети садрже широку лепезу биоактивних пептида са различитим биолошким активностима; већина њих показује антимикробна својства. Представљајући древни и ефикасан облик природне одбране, они се генерално класификују као антимикробни пептиди.
(4) Антимикробни пептиди из риба, мекушаца и љускара: Пардаксин, пептид од 35-амино-киселина-остатка пептида изолован из Мојсијевог ђона (*Пардацхирус марморатус*) 1986. године, био је први антимикробни пептид, карактерише {-ампхихелпатх структура изолованог пептида из рибе у облику катиона способан за пермеабилизацију мембране. Функционише као јонски неуротоксин и развијен је низ деривата пептида који показују јачу антимикробну активност-и нижу хемолитичку активност – од мелитина.
(5) Биљни антимикробни пептиди: Биљке такође производе антимикробне пептиде структурно сличне дефензинима који се налазе код инсеката и сисара; они су познати као биљни дефенсини. Већина биљних антимикробних пептида је веома активна против биљних патогена, мада неки такође показују токсичност према грам-позитивним и грам{3}}негативним бактеријама, гљивама, квасцима и ћелијама сисара. Тионини су били први антимикробни пептиди који су изоловани из биљака.
(6) Бактеријски антимикробни пептиди: Такође познати као бактериоцини, они укључују катјонске и неутралне пептиде и луче их и Грам{1}}позитивне и Грам{2}}негативне бактерије. У бактеријама су идентификована четири типа антимикробних пептида: бацитрацин, грамицидин С, полимиксин Е и низин.
